ワクチンの仕組みは、目的の病原体に対する免疫応答を実際に病原体に感染する前に、からだにつくらせるというものです（詳しくは「ワクチンの仕組み」のページをご覧ください）。ワクチンを接種すると、免疫が応答しますので、からだに何らかの反応が起きることがあります。
「副反応」とは、ワクチン接種により免疫をつけることに伴って発生する、病原体に対する免疫の付与以外の反応です。接種した部分の痛み・腫れ・赤くなる、頭痛、疲労、リンパ節の腫れ、発熱などの副反応が起きることがあります。このような症状の多くは数日以内に回復します。

非常に稀ですが、ワクチン接種によってアナフィラキシー（急性のアレルギー反応）、脳炎・脳症、ギラン・バレー症候群、けいれんなどの副反応が発生することがあります。このような重篤な副反応が出現した場合には医療機関ですぐに治療を行います。